Sua melhor aposta é fazer backup do armazenamento de certificados em seu servidor antigo e restaurá-lo no novo servidor. O TechNet tem um artigo descrevendo como fazer isso no link
Estou configurando um novo servidor Windows 2008 R2 para substituir uma caixa antiga do Windows 2003 em um domínio pequeno do Windows. Descobri que o servidor antigo está executando o único serviço de certificado no domínio. Preciso executar alguma etapa especial ou posso simplesmente executar o serviço de certificado no novo servidor?
Atualização: parece que meu certificado de raiz expirou há alguns dias. Eu estaria tão bem mudando para o novo servidor diretamente como renovando o certificado antigo?
Sua melhor aposta é fazer backup do armazenamento de certificados em seu servidor antigo e restaurá-lo no novo servidor. O TechNet tem um artigo descrevendo como fazer isso no link