Bem, se dependesse de mim, eu pegaria a mesa com 1.000.000 linhas. Não necessariamente para fins de eficiência, mas porque eu iria perder a cabeça tentando acompanhar os dados armazenados em cinco tabelas diferentes, que são na verdade o mesmo conjunto de dados. Há muitas maneiras de se atirar no pé. Apenas por exemplo, se eu precisar atualizar um registro com uma determinada chave, em qual tabela eu vou olhar?
E, além disso, quando sua abordagem usual falha porque você tem muitos registros em sua tabela, você será forçado a aprender cargas e cargas sobre otimização, e então você realmente ficará muito melhor no gerenciamento de banco de dados!