Tentativa de resposta - iterar pelos usuários em HKEY_USERS e extrair o conteúdo da chave de rede. Isso não lhe dirá para todos os usuários logados, que lhe dirá para todos os usuários que já se conectaram. Se você precisar dele, poderá analisar nomes de usuários da saída de qwinsta, correlacionar isso com os SIDs sob HKEY_USERS e depois Puxe apenas suas chaves de rede.
Tenho certeza de que seria mais fácil fazer isso no PowerShell (que pode ter mais métodos internos para fazer isso de qualquer maneira), mas como você está no Win2k3, não presumo que esteja instalado.
Edit- ok, agora com essa explicação do problema, por que você não adiciona uma linha ao início dos scripts de login do TS para fazer um net use * /delete
? Então mapeie tudo depois disso. Se alguém precisar de uma unidade mapeada, adicione-a aos seus scripts de login.