Portanto, as diretivas do VirtualHosts e os arquivos .htaccess estão fora de questão. Portanto, a única coisa que resta é executar uma instância diferente do Apache para cada subdomínio, que teria um arquivo de configuração completamente separado, que pode potencialmente funcionar com o seu software de gerenciamento.
Se nada disso funcionar para você, então você se afastou tanto da maneira padrão de fazer as coisas que provavelmente precisará escrever seu próprio fork do Apache para lidar com seus requisitos específicos; -)