Tenho certeza de que o GRUB (o gerenciador de inicialização) não vai gostar da diferença entre um disco rígido USB e um disco rígido sATA, e pode ter dificuldades para inicializar sua instalação.
Se você recarregar o GRUB para se referir ao novo local do kernel do Linux, você poderá realizar essa tarefa.
No entanto, por que não colocar a unidade em primeiro lugar e depois instalar o Ubuntu? Isso parece uma solução mais simples.