É o problema, e você mesmo o destruiu com a linha
export PATH=.:/usr/java/jre1.6.0_16/bin
Pare de lixá-lo e você ficará bem. Você pode querer fazer
export PATH=${PATH}:/usr/java/jre1.6.0_16/bin:.
em vez disso. Eu pessoalmente não gosto de ter .
no PATH, mas se você tem certeza que precisa, deixe-o entrar.