Uma ressalva a observar: você não obterá suporte TRIM das instâncias virtualizadas, o que significa que você perderá o desempenho ao longo do tempo no SSD.
Quanto à sua pergunta original, não vejo razão para usar os 500 GB para qualquer outra coisa que não seja armazenamento em massa (backups e semelhantes); Executar o SO fora do SSD faz mais sentido. O raciocínio por trás da separação dos discos que hospedam um sistema operacional virtual e o sistema operacional host só faz sentido em um mundo de tempos de busca diferentes de zero, então, como os SSDs não têm penalidade por acesso não linear, eu diria que combinar os dois é o caminho ir. Isso também permitiria que você removesse completamente o disco giratório, o que pouparia um pouco da descarga da bateria quando você estiver na estrada.