Você não poderia continuar usando o Robocopy e usar algumas das opções avançadas de seleção de arquivos? Então, durante a noite você iria basicamente robocopy X:\*.* Y: /M
. Então quando você quiser sincronizar, faça a mesma coisa. Isso deve ter o efeito de copiar todos os arquivos com o bit de arquivamento e redefinir o bit, então, da próxima vez, copiará qualquer coisa que tenha o bit de arquivamento definido (e redefina-o novamente).