Se o programa estiver sendo executado como um serviço, ele continuará em execução; Sessões interativas não têm relação com os serviços (além de poder iniciar / pará-las ou qualquer outra coisa).
Se o programa estiver sendo executado no plano de fundo da sessão (como a bandeja do sistema, ou sem a interação do usuário por completo), quando a sessão terminar, o mesmo acontecerá com o programa. O logoff encerra a sessão.
Funciona dessa maneira, independentemente do tipo de conta usada / logada.