Você poderia usar a replicação para replicar o banco de dados para outro e fazer backup da réplica.
Eu tenho um site em execução em um back-end de banco de dados MySQL, cujo backup é feito diariamente pelo seguinte comando:
mysqldump -h server.com -uuser -ppass database > /home/directory/backup'date +"%Y%m%d"'.sql
Tenho notado que, como o banco de dados ficou maior e o backup demora mais (talvez alguns minutos), o site não funciona corretamente durante o processo de backup.
As páginas que exigem o banco de dados carregado durante o backup são interrompidas durante o backup e não são carregadas até que o backup seja concluído. Muitas vezes, eles não parecem ter tempo limite, até que o backup seja concluído com um erro de 30 segundos do tempo limite do MySql - mesmo que tenham passado mais de 30 segundos.
Eu acho que o comando mysqldump está bloqueando o acesso a alguma parte do banco de dados e impedindo conexões do cliente a partir do servidor web, mas não consegue encontrar mais nenhuma informação sobre isso.
Estou executando o mysql 5 no servidor e as tabelas estão no formato ISAM.
Para tabelas MyISAM você também pode usar mysqlhotcopy. No entanto, isso não removerá seu problema, pois isso também usa bloqueios de tabela. Portanto, eu também recomendaria examinar a replicação.