Distribuir suas caixas de correio pelos bancos de dados é bom para manter os tamanhos dos bancos de dados baixos. Se algo correr seriamente errado e você precisar executar utilitários offline para recuperar as coisas, agradecerá por manter os bancos de dados menores. Os usuários não gostam de ficar sem e-mail durante as 8 horas necessárias para recuperar um banco de dados de 25 GB.
Quanto aos movimentos direcionados, existe uma maneira de mover os usuários para bancos de dados específicos. Nós fizemos isso quando fizemos o 2003 > 2007 movimento. Eu acredito que você precisa usar as ferramentas do Exchange 2010 para fazer a migração, e você pode escolher o banco de dados de destino. Usamos um script do PowerShell para realizar as migrações, o que pode expor mais alguns controles para gerenciar isso.