Você pode ter um único repositório ou vários - isso realmente não importa do ponto de vista técnico, já que você pode conferir parte do repositório ou tudo isso, dependendo de suas necessidades.
No entanto, se você trabalha com outras pessoas em sites diferentes, provavelmente precisará de um repo por site. Um repo por site também funciona se você quiser atribuir a cada cliente uma cota de disco. Eu crio uma pasta de usuário para cada usuário e armazeno o repositório, o site de teste e os arquivos do site ao vivo na pasta do usuário da seguinte forma:
/home/user
/home/user/svn_repo
/home/user/www/live-site
/home/user/www/staging-site
Faça o check-out do repositório para a pasta de trabalho local e efetue o commit do repositório a partir de lá.
Confira / atualize a partir do repositório para o site de teste para mostrar ao cliente as alterações feitas e testadas. Uma vez que tudo esteja funcionando e acordado, confira / atualize no site ao vivo. Isso fica um pouco confuso se várias pessoas tentarem fazer atualizações. Melhor se uma pessoa assumir esse papel.
Leia o livro do Red-Bean , citado por onik. Se você estiver fazendo alguma edição nos sistemas Windows, o Tortoise-SVN será inestimável. Com o Tortoise-SVN você também pode se conectar via ssh + svn: pseudo-protocol. Funciona muito bem se você estiver usando logins ssh baseados em assinatura em seu servidor.