Você DB está fazendo exatamente o que é suposto fazer. Quando uma transação é morta, ela precisa ser revertida. Você não pode pará-lo se quiser um banco de dados consistente.
Se isso não for importante para você, elimine o MySQL e crie um banco de dados totalmente novo a partir do zero, porque este nunca funcionará novamente, a menos que você deixe a reversão terminar.
Uma sugestão para os trabalhos agendados, fazer a primeira coisa que você faz no trabalho é verificar se ainda está em execução desde a última vez e, em caso afirmativo, sair. Certifique-se de registrar o que está acontecendo para que você possa ajustar o tempo entre as execuções para um melhor valor.