Se você não configurou nenhum serviço ou script no sistema de arquivos base que aponta para o chroot, tudo o que você precisa fazer é excluir o diretório.
Se você está preocupado, pode, naturalmente, renomear temporariamente o diretório para outra coisa e reinicializar. Se tudo o que é suposto aparecer, então exclua / arquive o chroot antigo.