Como você tem uma placa 3ware, o próprio RAID pode ser feito no nível do hardware. Isso precisa ser feito antes de instalar o Windows no sistema, através do BIOS da própria placa RAID (leia os documentos se você não tiver certeza sobre como chegar lá, acho que é alt-3 durante a inicialização)
Depois de criar um RAID 1 nos dois discos, as instalações do sistema operacional verão apenas um único disco de 500 GB. Você está então livre para particionar isso como quiser.
Se você ainda não configurou o RAID nos dois discos e já instalou o Windows, acredito que sua única solução seja fazer o backup de seus dados e reinstalá-los.