O Windows não é adicionado para uma instalação do Wubi. O Wubi inicializa através do Gerenciador de Inicialização do Windows já, portanto, tentar obter o grub para carregar o Windows por padrão é inútil (ele apenas o leva de volta ao Gerenciador de Inicialização do Windows).
Note que se você conseguiu o Grub para inicializar o Windows (é possível), e definir o Ubuntu como padrão no Gerenciador de Inicialização do Windows, eles continuarão indo de um menu de inicialização para outro. Se você fez isso e também definir Time to display operating systems
no Gerenciador de Inicialização do Windows como 0, o Windows não poderá inicializar. Essa é a razão pela qual o Windows foi removido do menu do Grub para todas as instalações do Wubi.
Uma coisa importante que nem sempre é clara com o Wubi: a primeira vez que você instala o Wubi, ele define um sinalizador no gerenciador de inicialização do Windows para ir direto ao Ubuntu sem avisar. Isso faz algumas pessoas pensarem que o Ubuntu assumiu. Esse não é o caso. Simplesmente reinicie e você será solicitado a escolher entre o Windows e o Ubuntu. Isso pode ser o que aconteceu aqui.