Se você quiser reduzir uma unidade thin provisioned, provavelmente precisará começar usando uma ferramenta como zerofree ou sdelete para zerar todo o espaço vazio. Em seguida, use uma ferramenta apropriada ao seu hipervisor para clonar a VM a partir do arquivo de disco antigo.
Com produtos Vmware, você pode usar o VMware Converter para criar uma nova VM a partir da antiga e, se você, thin-provision e ajuste as configurações de armazenamento a nova VM deve usar apenas a quantidade de espaço usada pelos arquivos no disco virtual.
Quanto vale a pena, isso depende de você. Dependeria muito de quanto armazenamento livre você tem. Quanto espaço foi desperdiçado, se você puder pagar algum tempo de inatividade para criar um disco menor e, se esse tempo for mais valioso, o custo de armazenamento adicional.