A menos que seu aplicativo precise acessar a pasta de arquivos do programa (que possui (x86)
anexado ao instalar aplicativos de 32 bits em janelas de 64 bits), não acredito que haja diferenças que afetem o ASP principal. Código NET.
Pode haver algumas diferenças entre o SQL 2005 e 2008 que afetam você, mas pelo que ouvi, é uma atualização muito menos perturbadora do que a de 2000 para 2005. Você pode sempre tentar google se estiver realmente preocupado.
Mesmo se você acabar instalando uma versão de 32 bits do SQL Server no Windows de 64 bits (não que eu recomende isso), provavelmente funcionará bem.