Algumas coisas:
Eu não acho que isso seja muito, muito ruim do ponto de vista de que nada vai acontecer além do fato de que seu namespace não será resolvido de forma correta e consistente até que isso seja resolvido.
No que diz respeito à hierarquia, isso não mudou. Seu namespace e registros DNS ainda estão no mesmo nível da hierarquia. A criação de vários servidores de nomes não muda onde seu namespace está na hierarquia.
Os servidores de gTLDs não se importam com quantos servidores de nome ele possui. Eles vão procurar pelo NS no seu namespace e encaminhar solicitações de DNS para o seu namespace para qualquer servidor de nomes listado. Como os servidores de gTLDs não executam recursão, isso não sobrecarrega os usuários. Um cliente DNS (servidor DNS em nome de um cliente) perguntará ao servidor gTLD responsável pelo domínio gTLD relevante (.com, .edu, etc.) onde encontrar seu namespace e o servidor gTLD os encaminhará aos servidores de nomes. listado. O cliente DNS consultará um dos servidores de nomes listados.
Além de ter alguma resolução de nomes e falhas esquisitas, não vejo isso como um problema de quebra de terra. A correção é simplesmente entrar novamente no site de seu registrador e remover os registros errados.