As opções "ignoreboth" e "ignorado" apenas impedem que duplicatas do comando imediatamente anterior sejam adicionadas ao histórico. Duplicados anteriores não têm efeito.
$ echo $HISTCONTROL
ignoreboth
$ echo a
a
$ echo b
b
$ echo b
b
$ echo a
a
$ history 4
1047 echo a
1048 echo b
1049 echo a
1050 history 4
Como você pode ver, echo a
aparece duas vezes e echo b
aparece uma vez.
Você pode estar procurando a opção "apagados".
$ echo $HISTCONTROL
ignoreboth:erasedups
$ echo c
c
$ echo d
d
$ echo d
d
$ echo c
c
$ history 4
1076 echo $HISTCONTROL
1077 echo c
1078 echo d
1079 history 4
Aqui, echo c
e echo d
aparecem apenas uma vez.