O local canônico para definir variáveis de ambiente para o apache no Ubuntu é /etc/apache2/envvars
. Observe que o apache seria executado como o usuário www-data, não o usuário nobody. www-data não teria dotfiles em sua casa de qualquer maneira.
Além disso, para tornar a variável disponível para php, acredito que você precisará usar PassEnv na configuração do apache