O arquivo .vhd rastreia as alterações em um disco em branco assumido.
Só porque algumas áreas do sistema de arquivos não são usadas, não significa que elas não tenham cópias de sombra ou sobras de arquivos usados anteriormente.
Isto é, por exemplo, como os programas un-delete funcionam.
Para esclarecer:
O espaço "não usado" no seu disco pode não estar em branco.