Se o servidor de destino for o Linux, sugiro apenas usar o rsync com uma chave ssh? O FTP não é criptografado e não tem suporte nativo para backups incrementais.
Um único rsync com uma linha de comando como a abaixo pode ser suficiente.
rsync -auv -e "ssh -i /path/to/keyfile" /path/to/source_directory/* \
user@remotehost:/path/to/destination_directory/