Inscreva-se nas Ferramentas do Google para webmasters . Deve ser capaz de lhe dar qualquer indicação de porque foi desindexado. Além disso, se você usou qualquer tática de SEO do "chapéu negro", isso poderia ter resultado na deslistagem, há uma variedade de razões.
Com relação às principais consultas de pesquisa, isso indica spam, mas você disse que não detectou nenhum em seu site, portanto, não sabe de onde ele viria.