É impossível fazer isso por meio de especificações básicas de autenticação. Os domínios bob.example.com e elisa.example.com são dois espaços de proteção diferentes e quase todos os navegadores os tratarão como dois domínios separados e diferentes aos quais as credenciais de autenticação diferentes devem ser fornecidas.
No entanto, há solução - autenticação de resumo HTTP. Ele permite que você especifique todos os domínios que são URLs no espaço de proteção. No entanto, ele não permite subdomínios de caractere curinga, portanto, após dezenas de domínios, ele obtém um PITA bastante.
Exemplo de configuração.
<Location />
AuthType Digest
AuthName "teh realm"
AuthDigestAlgorithm MD5
AuthDigestDomain / http://domain.com/ http://subdomain.domain.com/
AuthDigestQop auth
AuthDigestProvider file
AuthUserFile /etc/apache2/.htpasswd-digest
</Location>
IMO, que sua única opção é escrever o próprio autenticador FastCGI que os usuários cookies, que permitem subdomínios curinga. Se você tem poucos domínios, é mais fácil ficar com o resumo.