Temos o SharePoint no trabalho e também sou o principal administrador dele, então o conheço muito bem. Honestamente, existem muitos recursos no Sharepoint que o tornam ideal para uma rede corporativa, embora também tenha suas desvantagens. Eu acho que a maior desvantagem é a curva de aprendizado para personalizar e desenvolver para ela.
O Box.net é muito legal (eu também usei o BaseCamp para tipos similares de colaboração de equipe) e eles fazem o trabalho, mas eu acho que quando lidamos com uma infraestrutura corporativa, ter coisas hospedadas internamente é uma grande vantagem, independentemente das promessas de privacidade feitas nesses tipos de sites de serviço.
No que diz respeito à migração, essa será uma grande dor de cabeça, porque, até onde posso dizer no Box, não há uma maneira automática de migrar. Você provavelmente pode pagar alguém para fazer isso por você, mas dependendo da quantidade de conteúdo que você tem, isso pode ser milhares ou dezenas de milhares de dólares para o trabalho, talvez mais.
Se você já tem o Sharepoint e não está completamente insatisfeito com isso, eu manteria isso. Sharepoint é muito baixa manutenção geralmente uma vez que você configurá-lo inicialmente e ele pode praticamente rodar a si mesmo se você estiver usando apenas para um conjunto de colaboração de intranet. Se você estiver usando para um papel muito mais personalizado, isso pode mudar.
Começando do zero, eu poderia tentar encontrar outra coisa, talvez até algo como Alfresco: link que é open source, mas se você já tem o sharepoint em funcionamento, eu manteria isso a menos que você encontre desafios que não possam ser superados. Basta ter em mente que, se você tiver um desenvolvedor .net bem definido em sua equipe, a maioria dos desafios deve ser fácil de aceitar.