Isso parece simples demais ... Não sei se entendi completamente sua pergunta.
- Monte os dois sistemas de arquivos EFS em uma única instância, provavelmente em sua instância atual.
- Use um comando de cópia para copiar os arquivos para o novo sistema de arquivos EFS.
- Desconecte o novo sistema de arquivos da sua instância
- Monte o novo sistema de arquivos EFS na nova instância
Atualizar
Aqui estão alguns comandos que têm uma boa chance de funcionar. Eu os peguei de esta página .
Monte o segundo sistema de arquivos
sudo mount -t efs -o tls fs-12345678:/ /mnt/efs2
Copie os arquivos
sudo cp -r /mnt/efs /mnt/efs2/