Este é o comportamento pretendido. O Beanstalk usa escalonamento automático para gerenciar instâncias, e o escalonamento automático encerrará as instâncias se houver um problema.
Se você quiser garantir que a nova instância iniciada seja configurada exatamente da mesma maneira, será necessário inicializar todas as configurações. Você usa ebextensions para fazer isso. link
Você nunca deve confiar em configurações manuais com o Beanstalk. Se há algo que você precisa fazer em uma instância antes de funcionar, você precisa escrever um script e incluí-lo em suas ebextensions. Adicione o script a / tmp na seção "arquivos" e, na seção "comandos" ou "comandos de contêiner", você poderá executar esse script.
Para incluir ebextensions, crie um diretório no nível raiz do seu nome de código-fonte ".ebextensions". Os arquivos nesse diretório devem terminar com a extensão ".config" e são todos arquivos yaml. link