Considerando que provavelmente existem mais de um server
de entradas no seu arquivo, você precisa de dois comandos para isso:
rm /files/etc/ntp.conf/server
set /files/etc/ntp.conf/server ntp.example.com
e augtool
só podem receber um comando como uma linha.
O que você pode fazer, no entanto, é usar stdin para isso, por exemplo:
echo -e "rm /files/etc/ntp.conf/server\nset /files/etc/ntp.conf/server ntp.example.com" | augtool -sAt "Ntp incl /etc/ntp.conf"