Armazenar esse encaminhador condicional no Active Directory permite que ele se propague para os outros controladores de domínio no domínio ou na floresta. Dessa forma, se você precisar alterar um dos endereços IP do servidor DNS remoto, poderá gerenciá-lo em um só lugar. Se você não fizer isso, precisará se conectar a cada servidor DNS e criar e / ou alterar o encaminhador condicional em cada servidor.
Tenho certeza de que existem razões práticas para fazer uma coisa dessas (no meu caso, não verificar essa caixa), mas no meu ambiente não consigo pensar em nenhuma. Talvez razões de teste.