O problema está encolhendo sistemas de arquivos podem levar a sistemas de arquivos altamente ineficientes (veja o aviso em link ) e isso supondo que você não está usando um sistema de arquivos como o XFS que não suporta encolher. Sua melhor aposta é um backup e restauração dos dados para um sistema de arquivos menor em um disco de backup do tamanho correto (fino ou não).
Se possível, recomendo comprar mais discos para que você tenha mais armazenamento. Você vai gastar muito tempo tentando reduzir tudo e se você pode trocar dinheiro por tempo ...