Sugiro combinar o fetchmail com o procmail. Na sua declaração de pesquisa do fetchmail, adicione:
mda procmail department_mail_sort.rc
Em seguida, no arquivo department_mail_sort.rc você pode definir como classificar e entregar o e-mail.
:0
* ^[email protected]
!deptartment1_mailbox@localhost
:0
* ^[email protected]
!deptartment2_mailbox@localhost
:0:
* ^[email protected]
department3_local_mbox_file
O Procmail tem várias opções de entrega, então confira a página do manual procmailrc . Parece que você está executando um mta local, caso em que o! e @localhost passará a mensagem lá, mas você também pode encaminhar para outro lugar, gravar em um arquivo mbox como o último exemplo ou até mesmo usar um canal para executar um programa personalizado para manipular cada mensagem.