Bem, na verdade você está com sorte. Se você configurar o haproxy para usar os dois certificados, colocando-os no mesmo diretório e listando isso, ou listando ambos os certificados explicitamente, o HAProxy fará a coisa certa para você. Eu tenho postado sobre isso na lista de discussão de haproxy. O bit relevante sobre a diretiva crt é:
This directive may be specified multiple times in order to load certificates from multiple files or directories. When specified multiple times, the certificates will be looked up in the order they are specified in the configuration, with the exception of wildcard certificates, they will always be looked up last.
Como alternativa, você pode dar uma olhada em crt-list .