Reinicializações completas não são recomendadas assim. Eu acho que você já está ciente disso, então aqui está uma resposta para sua pergunta.
Eu suspeito que o seu problema é que o comando contrab -e é projetado para um usuário adicionar seus próprios scripts cron. Geralmente não é usado para adicionar entradas cron do sistema (raiz).
Acredito que seria melhor adicionar manualmente um arquivo em /etc/crontab.d/ ou até mesmo adicionar uma entrada em /etc/crontab .