Pessoalmente, eu usaria o LDAP como o protocolo para conectar ao seu controlador de domínio do Active Directory do Linux.
Em seguida, use sua linguagem de script favorita para se conectar diretamente ao AD ou simplesmente gere um arquivo LDIF com as alterações desejadas e use o Utilitário de linha de comando ldapmodify
para fazer uma alteração em massa.
# A simple LDIF to change a uidNumber and set a gidNumber
# for both John and Jane Doe would look like:
dn: cn=John Doe,ou=Users,dc=example,dc=com
changetype: modify
replace: uidNumber
uidNumber: 9001
-
add: gidNumber
gidNumber: 9001
-
dn: cn=Jane Doe,ou=Users,dc=example,dc=com
changetype: modify
add: uidNumber
uidNumber: 9002
-
add: gidNumber
gidNumber: 9001
-
# EOF