o apache2.conf estava faltando
IncludeOptional "/etc/apache2/conf.d/*.conf"
IncludeOptional "/etc/apache2/sites-enabled/*"
IncludeOptional "/etc/apache2/conf-enabled/*"
diretivas. Eu tive um problema semelhante uma vez e procurei por horas. Desde então não confio em nenhuma configuração que eu mesmo não escrevi:)