Basta fazer uma cópia do /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades depois de configurá-lo da maneira que preferir e colocar isso em prática na máquina de destino. Você pode incorporá-lo em seu script ou pode rsync ou wget em um servidor, ou o que for.
Então basicamente seu script pode fazer algo assim:
apt-get install unattended-upgrades
wget -O /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades http://myserver.mytld/confs/20auto-upgrades
/etc/init.d/unattended-upgrades restart
Não há realmente nenhuma razão para brincar com o script de reconfiguração do dpkg.
Se você não quer buscar o arquivo conf de um servidor remoto, é muito curto e simples - a versão padrão, que busca e instala apenas atualizações de segurança, é assim:
APT::Periodic::Update-Package-Lists "1";
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "1";
Assim, você pode apenas fazer o eco dessas linhas no arquivo de configuração diretamente com o seguinte:
echo -e "APT::Periodic::Update-Package-Lists \"1\";\nAPT::Periodic::Unattended-Upgrade \"1\";\n" > /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades