Você não possui certificados definidos para os blocos de servidor www.site1.com e www.site2.com , então nginx provavelmente está usando o certificado que foi carregado primeiro na configuração.
Seus certificados são presumivelmente definidos nos arquivos snippets/ssl-site1.com.conf e snippets/ssl-site2.com.conf .
Supondo que seus certificados sejam válidos para a variante www. do nome de domínio, essas instruções precisam ser incluídas nos outros blocos de servidor.
Por exemplo:
server {
listen 443 ssl;
server_name www.site1.com;
include snippets/ssl-site1.com.conf;
return 301 https://site1.com$request_uri;
}