Se o sistema estiver usando systemd, a edição de /etc/default/bind9 não terá efeito.
Edite o arquivo /lib/systemd/system/bind9.service e adicione a opção -4 à variável ExecStart . Estou usando o Ubuntu 16 e tive que fazer isso.
ExecStart=/usr/sbin/named -f -4 -u bind
Verifique também que, depois de reiniciar, a opção named está sendo executada com -4 .
Na verdade, há um bug preenchido sobre essa confusão na configuração link