My goal is to be able to access owncloud using a sub domain owncloud.example.com/
Is this configuration possible?
Sim, principalmente. Tudo o que você precisa fazer é adicionar um registro A para owncloud.example.com ao DNS example.com que aponta para 123.123.456.789 (sic).
Em seguida, basta acessá-lo como http (s): //owncloud.example.com: 1234
Note que você ainda precisa fornecer a porta, como eu disse anteriormente - principalmente.
Se a incubadora de empresas puder ser persuadida a ajudar, você poderá fazer com que ela inverta o proxy owncloud.example.com na porta 80, o que eliminaria a necessidade da porta.