Você provavelmente está perdendo a própria pasta de dedução, pois ela está oculta e as permissões impossibilitam a entrada por padrão.
Esses blocos são armazenados em System Volume Information \ Dedup \ ChunkStore na unidade em questão.
Os tamanhos que você vê fora desse local são os dados não duplicados.
Editar - link que descreve o armazenamento de partes e os tamanhos de pastas incompatíveis.
Assim como uma sugestão, você também pode querer usar a exibição "Volumes" na guia Serviços de Arquivo e Armazenamento do Gerenciador de Servidores. Como você descobriu, as interfaces não correspondem umas às outras.