Curiosamente, estou trabalhando em um projeto muito semelhante para um cliente.
Infelizmente, não há como baixar e instalar as atualizações e realizar uma reinicialização necessária pendente. O que você pode fazer é baixar as atualizações e usar um utilitário de terceiros ou um script VB ou Powershell para instalar as atualizações e realizar a reinicialização necessária pendente. Optamos por usar um script do Powershell.
Dois utilitários de terceiros testados que parecem funcionar muito bem são:
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