Você pode recriar esses arquivos com os seguintes comandos:
touch /var/log/auth.log && chmod 640 /var/log/auth.log && chown syslog:adm /var/log/auth.log
touch /var/log/mail.log && chmod 640 /var/log/mail.log && chown syslog:adm /var/log/mail.log
É difícil dizer por que os arquivos foram excluídos. Eu nunca experimentei isso. Talvez possa ser a rotação do log se você tiver modificado recentemente.