Do meu entendimento do que você está perguntando, você tem controle sobre todas as etapas desse processo e deseja exibir novas versões de um aplicativo conteinerizado que fica atrás do HAProxy sem interromper as conexões do cliente com os aplicativos antigos, mas evitando novas conexões.
Isso parece ser um bom uso do comando de servidor HAProxy disable .
Você deve ser capaz de desabilitar seus servidores preteridos, marcando-os para manutenção no HAProxy, o que deve permitir que os clientes concluam seus negócios, e sua magia consul / HAProxy pode colocar os novos servidores online.