Sempre tive problemas com o antigo cliente do OneDrive for Business, os usuários pararam de sincronizar completamente devido a conflitos de arquivo e eu sempre fui forçado a remover / corrigir / sincronizar novamente todas as pastas locais.
As coisas não podem melhorar após a mudança para o novo cliente do OneDrive for Business Next Generation, não um único erro ao longo de 2 meses de uso.
Confira aqui: link
Editar: uma nova versão será lançada em breve: link
Obrigado @Jesus Shelby pelo heads-up.