A troca ocorre por causa do script de pós-atualização que é executado após a atualização do pacote libapache2-mod-php5. Não é seguro usar o módulo php5 Apache2 sem o MPM prefork, então o script intervém para tentar consertar a situação.
Infelizmente, o problema é que o script em questão não verifica se o módulo php5 do Apache2 está realmente habilitado. Um relatório de erros foi arquivado sobre este assunto.
Nesse meio tempo, para evitar que o MPM seja alternado novamente, você pode simplesmente desinstalar o pacote libapache2-mod-php5.