Para converter a chave .pem na chave .ppk usando a versão de linha de comando * nix do puttygen use:
puttygen mykey.pem -o mykey.ppk
Veja a puttygen man page .
Existem pacotes PuTTY rpm e "putty-tools" disponíveis para muitos * nix distribuições.
O formato .ppk é proprietário do PuTTY, portanto, ferramentas fora do conjunto de ferramentas PuTTY (como o ssh-keygen ) não suportam isso.
Note que você pode converter a chave no Windows usando a versão GUI do PuTTYgen e ainda usar a chave convertida no Linux.