Você também pode examinar manualmente seus trabalhos Cron, já que o Cron é o que geralmente aciona processos sistematicamente em horários específicos. O Ubuntu é uma distribuição de servidores razoavelmente complexa comparada a algumas outras distribuições mínimas de servidores linux. Meu palpite seria algum tipo de trabalho que procura automaticamente por atualizações de segurança. Então, procure por qualquer processo do apt-get às 12h diariamente. Quanto ao uso da memória, você tem certeza de que não está em cache? Depois de executar atualizações em meus sistemas Debian, que são muito semelhantes ao Ubuntu, geralmente há muito sobra de uso de memória do cache de disco. Isto está perfeitamente bem, o linux manterá apenas a memória para o cache de disco até que outro aplicativo solicite essa memória. Na verdade, ele não está sendo consumido, apenas alocado para armazenamento em cache.