Aparelhos como o ponto-e-vírgula têm um significado especial na configuração do nginx, portanto você deve transformar sua regex em uma string explícita cercando-a com aspas simples ou duplas.
map $query_string $edgars_access_denied {
default "200";
"~mosConfig_[a-zA-Z_]{1,21}(=|\%3D)" "403";
}