Estou usando a duplicidade para backups em meus servidores Debian. Eu fiz backup e restaurei arquivos com sucesso usando duplicidade.
No meu script de backup, eu tenho /usr/bin/dpkg --get-selections > /installed_packages_<hostname> para que eu possa fazer o backup da lista de pacotes para uma restauração fácil de todos os pacotes instalados.
Considerando que todos os pacotes obtêm a versão padrão da configuração do mantenedor do pacote, é possível dizer a duplicidade para sobrescrever os arquivos e pastas de destino? Essencialmente, é possível sobrescrever / com o backup completo / incremental de ontem?
Sugiro que você restaure da duplicidade para um local diferente (provavelmente em uma máquina diferente) e, em seguida, use as ferramentas do sistema de arquivos para copiar arquivos no lugar. Dessa forma, você pode sobrescrever o que você escolher.
Caso você não tenha pensado nisso: sua estratégia pressupõe que todos os pacotes estavam atualizados quando o backup foi criado.